2025年の年末調整はこう変わる｜中小企業が今から備えるべき実務対応 - 神奈川横浜・町田経理アウトソーシングオフィス

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コラム

2025.10.09: 2025年の年末調整はこう変わる｜中小企業が今から備えるべき実務対応

2025年の年末調整では、基礎控除や給与所得控除、扶養控除の要件が大きく見直されます。従業員が提出する申告書の内容や控除判定の条件が変わるため、従来の運用フローでは対応しきれないケースも出てくるでしょう。ここでは、経営者が押さえておくべき主な変更点を整理します。

≪目次≫
2025年の年末調整で変わる税制改正ポイント
 中小企業が直面する2025年年末調整の実務課題
 2025年の年末調整に備える中小企業の実務対応
 1人経理体制の中小企業が取るべき年末調整対策
 まとめ

2025年の年末調整で変わる税制改正ポイント

2025年の税制改正では、所得税控除や社会保障制度に大きな見直しがありました。特に、基礎控除・給与所得控除の見直しや「特定親族特別控除」が導入されることで、年末調整における控除処理は一層複雑化する見通しです。

これらの改正は2025年12月1日に施行され、同年分の年末調整から適用が始まります。大企業ではデジタル化が進む年末調整ですが、中小企業では依然として紙ベースで運用しているところも少なくありません。しかし、アナログ運用では改正への対応が遅れやすく、従業員への説明不足や誤処理が発生するリスクが高まります。

年末調整をスムーズに進めるため、まず2025年の改正における重要なポイントをおさえましょう。

基礎控除と給与所得控除の見直しで非課税ラインが変わる

2025年の改正により、これまで「103万円の壁」として知られていた所得税の非課税ラインが変わります。この103万円とは、所得税の基礎控除（最高48万円）と給与所得控除（55万円）の合計額です。

2025年の改正では、それぞれ10万円引き上げられ「基礎控除：最高58万円」「給与所得控除：最低保障額65万円」へと変更されました。ただし、基礎控除は今年から2年間の特例として、所得階層ごとに最高37万円までの段階的に控除額が上乗せされます。これにより、103万円の壁は「123万円（最高160万円）の壁」となりました。

課税基準の変更は、雇用する短時間労働者（パート・アルバイト）の就労管理に影響します。特に、扶養範囲内で働くことを希望している従業員の就労状況を正確に把握する必要があるでしょう。

「年収の壁」の改正で配偶者控除の判定基準が変わる

年収の壁の変動により、正社員として雇用する従業員の配偶者控除判定はより複雑化します。これまで対象外とされていた配偶者が、控除の適用対象に入る可能性が出てきたためです。

配偶者控除には、従業員（納税者本人）と配偶者それぞれに所得要件が設けられています。従業員側の「合計所得金額1,000万円以下」という条件そのものに変更はありませんが、この金額は年間収入から基礎控除と給与所得控除を差し引いた金額です。2025年の改正により控除額が変更されたため、これまで基準値をわずかに上回ることで対象外とされていた従業員も、配偶者控除の対象範囲内に入る可能性があります。

さらに、配偶者側の所得要件も「48万円以下（給与のみ103万円）」から「58万円以下（給与のみ123万円以下）」へと変更されました。従業員と配偶者双方の基準が見直されたことで、より慎重な判定が求められます。

特定親族特別控除の新設で申告書様式が変わる

扶養控除とは、所得者の子どもや老親など16歳以上の親族のうち、所得要件を満たす人を対象としています。しかし、人材不足が深刻化する社会における大学生アルバイトの重要性が考慮され、19歳以上23歳未満の親族に限り、所得要件が緩和されることになりました。これが、今回の改正で新設された「特定親族特別控除」です。

具体的には、特定扶養親族の年間収入が従来の扶養控除基準額を超えていても、150万円以下であれば控除額（特定扶養親族控除：63万円）が満額適用されます。さらに、150万円を超える場合でも、段階的に控除額が減る仕組みが導入されました。

こうした変更に伴い、特定親族特別控除の申請には「特定親族特別控除申告書」の提出が必須となります。経理担当者は、申告様式の変更に対応するとともに、年末調整において家族の年齢や収入状況をより丁寧に確認する体制整備が求められます。

中小企業経営者必読｜2025年改正対応！103万・106万・130万円の壁と実務対策

中小企業が直面する2025年年末調整の実務課題

今回の改正では年末調整処理に関わる変更点が多く、煩雑化が進むため、従来の業務フローや管理体制では対応しきれない可能性があります。想定される主な課題は、以下の通りです。

紙ベース管理が招く年末調整対応の遅れとリスク

紙ベースの年末調整では、各種申告用紙を従業員全員に配布・回収、内容確認、修正依頼に再回収、管理帳簿への入力までを、すべて手作業で行います。判定基準の変更により、例年よりも時間がかかることもあるでしょう。しかし、年末調整の遅れは、給与支払報告書の提出や源泉徴収票の交付遅れにつながり、法令違反リスクが高まります。

控除要件変更に伴う従業員への説明不足リスク

控除判定には、基本的に従業員それぞれが提出する正確な家族情報が必要です。しかし、経理・労務部門外の従業員は税制改正について情報不足であることが多いでしょう。従業員自身が控除要件の変更を知らずに「例年通り控除対象外だろう」と自己判断してしまえば、必要な情報提供を得られないおそれがあります。また、改正に対する説明が不足していると、誤解や不満を招くリスクを伴います。

給与ソフトや様式更新漏れで発生する年末調整ミス

所得税控除制度の見直しは2025年12月1日が施行日です。インストール型のソフトウエアは、税制改正や様式変更への対応を自社で行う必要があります。手動によるアップデート、または最新版ソフトを購入してインストールし直して、最新版へと切り替えなくてはなりません。古い基準のままでは、控除判定ミスや税額の計算ミスにつながります。

2025年の年末調整に備える中小企業の実務対応

年末調整を適切に終えるためには、改正に対する早期の準備と社内全体での情報共有が不可欠です。ここからは、今からでも着手できる具体的な対応策を紹介します。

年末調整そのものを改善する方法については、下記コラムで紹介しています。
https://keirioutsourcing.com/column/column8713/
年末調整を「大変」から「楽」に変える！会社全体が楽になる年調DXとは

従業員向け説明資料を作成・配布し申告ミスを防ぐ

今回の改正は従業員の所得額に直結し、家族の働き方にも関わる内容が多いため、改正による変更点をまとめた資料を社内全体に配布します。特に誤解されやすい控除の判定基準については、具体例や図解を交えた説明、「よくある質問」の解答例掲載などが効果的です。紙資料の配付だけでなく、社内掲示や説明会を実施することで従業員の理解度が上がります。こうした工夫は、ミスの防止はもちろん、個別対応の負担軽減にも役立ちます。

クラウド会計・人事労務システムの検討と情報収集

クラウド型の会計・人事労務システムを導入すると、従業員各自の勤怠データ取得や家族情報との連携を自動化できます。また、常に最新の法令を遵守した処理が行えるよう自動アップデートされるため、法改正への対応を自社で行う必要はありません。自社の業務フローに適した機能があるか、操作性やサポート体制、費用対効果などを中心に情報収集しておくと良いでしょう。

1人経理体制の中小企業が取るべき年末調整対策

中小企業は少数精鋭であることが多く、非生産部門であるバックオフィス業務は極少人数で担当することが一般的です。経理や労務といったお金に関わる業務を1人の担当者が一手に引きうけるというケースも珍しくありません。

ここからは、こうした1人経理に生じる課題を整理し、年末調整対策を考えます。

1人経理が抱える属人化と税制改正対応の課題

1人経理の最大の課題は、業務に関わる知識やノウハウが特定の個人に依存しやすく、業務属人化が進むことです。これは「担当者に聞けば、すべてわかる」という状況であると同時に、「担当者以外は、誰も理解していない」という状況でもあります。このような経理業務の属人化が年末調整に与える影響は、以下の通りです。

制度改正情報の把握遅れが招く処理ミスリスク

1人経理は、法改正に対する情報収集や学習、計算式や様式変更などを、すべて1人で実施しなければなりません。最新情報を把握できなかったり、誤った解釈をしたりすると、不適切な処理につながります。

しかし、そうなった場合でも、社内には他に業務を理解している人がいないためミスに気づく人はいないでしょう。結果的に、税務署に指摘されるまで気づかないリスクがあります。

相談・確認できない孤立が生む業務負担の増加

年末調整を含む経理業務を理解しているのは、経理担当者1人だけです。改正後の処理について疑問が生じても、社内に質問や確認ができる相手はいません。判断に迷う場面でも相談できずに自己解決を強いられるため、孤立感や精神的な負担が蓄積しやすくなります。

属人化により経理担当不在で業務が止まる危険性

1人経理は、業務内容を共有する環境にないため、手順やルールが明文化されていないことが一般的です。これは、担当者の不在が業務の遅延に直結することを意味しています。一時的な不在ではなく、突発的な休職や退職が起こった場合、経理業務は誰も手がつけられないブラックボックスと化すでしょう。わかりやすいマニュアルと進捗記録がなければ、代理の担当者を立ててもすぐには業務再開できず、期限内の年末調整完遂にも支障をきたします。

従業員説明不足による申告ミスや不満の発生

経理業務は日々の取引を正確に記録・管理する業務です。そのため、年末調整の時期であっても煩雑な日常業務と並行して行う必要があります。こうした状況では、年末調整のための説明資料作成などの従業員対応までは手が回らない可能性が高いでしょう。従業員への説明不足は、制度への誤解や必要書類の記入ミスにつながります。結果として、修正依頼と説明、質問や不満に対する回答といった従業員対応が増え、さらに業務負荷が増大するという悪循環になりかねません。

【対策1】自社で実施できる基本的な年末調整対応

まず、年末調整をマニュアル化し、社内で業務分担することが重要です。一般的に、12月は経理部門を含む多くの部門で、業務ピークや繁忙期を迎えます。給与計算や税務処理に関わる部分は1人経理が担当すべき領域として、年末調整を周知するための資料作成や申請書類配布・回収、基本的な従業員対応などは分担の余地があります。年末調整の業務フローを見直し、業務分担を踏まえた最適化を行いましょう。

限られたリソースでは外部支援活用が現実的な選択肢

社内全体での分担が難しい場合は、外部の支援を活用することで年末調整における1人経理リスクを抑えられます。国税庁などの公的機関が作成した資料の活用、派遣スタッフや臨時スタッフの短期雇用、年末調整代行など、自社の状況や予算に合わせたサポートを検討することが現実的な選択肢です。

【対策2】クラウド型会計システム導入で効率化

年末調整にも対応したクラウド型会計システムを導入すれば、年末調整に関する入力・集計・判定を自動化できます。担当者は「確認と最終チェック」に集中できるようになるでしょう。

法令対応と自動計算で”正確性”が向上

自動アップデートにより、常に最新の法令に基づいた処理が行われます。給与情報や家族情報、従業員の申請情報との連携、控除判定や控除額の算出まで自動化可能です。手作業による見落としや計算ミスといったヒューマンエラーがなくなるため、年末調整業務の正確性向上にも貢献します。

従業員入力とマイナポータル連携で”手間削減”

クラウドシステムの導入で、年末調整のデジタル化が実現します。オンラインフォームに従業員が直接申告情報を入力するため、紙書類のやり取りがなくなり、時短やペーパーレス化促進にも有効です。マイナポータルとの連携で各種控除証明書情報を自動取得できるため、従業員・経理担当者双方の負担が大きく軽減されます。

進捗管理と帳票自動作成で”業務の見える化”

従業員の未対応や情報漏れ・入力ミスなど、不備のある申告をAIが自動検出してリストアップできます。進捗状況を可視化でき、リアルタイムで共有可能です。管理者レベルでの情報共有がしやすく、スケジュール管理に役立ちます。

【対策3】年末調整をアウトソーシングするメリット

クラウド型システムの導入は、中小企業における1人経理の根本的な課題解消に大きな効果を発揮します。しかしながら、まずは目の前の年末調整を片づけたいという場合は、年末調整を外部委託する方法を検討すると良いでしょう。

経理業務のアウトソーシング業者に年末調整代行を委託すれば、経理担当者は日常業務に専念できます。法改正への対応や複雑な税務処理が必要になるため、税理士などの専門家が在籍するアウトソーシング業者を選出すると安心です。

年末調整代行サービスの具体例

アウトソーシングは、作業単位の委託から業務プロセスの丸投げまで任意に選択できる点が特徴です。年末調整代行では、申告書・添付証明書のチェック、未回収・不備申告書のリストアップ、年末調整控除データ作成、年税額の計算・12月給与への過不足税額転記、源泉徴収票の発行などの実務全般を委託できます。なかには、従業員への案内文書作成を委託できるケースもあり、社内周知に役立ちます。